Mellem Bisserup og Skælskør går den skiltede rute langs dobbeltkysten forbi Holsteinborg Slot, Snedinge Gods hen til Ørslev Kirke med Danmarks mest berømte kalkmaleri, Dansefrisen, og Sankt Hans Kilde videre gennem Sibberup til den stille Basnæs Skov og helt ud til de stejle klinter langs med Basnæs Nor. Derfra forbi Basnæs Gods videre til Magleby Kirke med krigergraven fra 2. Verdenskrig. Derfra videre til Borreby Gods og den nærliggende mose. Stien går videre gennem Skælskør og ud i naturen langs med kysten mod Korsør.
Lagunestien giver en helt unik mulighed for at opleve natur, kultur og kulturarv. Stien er under udvikling i samarbejde med lokalområderne, så oplevelserne bliver mere nærværende.